Как почистить?

а карандаш и должен быть темным, линзы же после чистки не темнеют) другое дело, что им туда толком не подлезть. можно попробовать набором для чистки фильтров матриц, он покомпактнее. сжатым воздухом только пыль выдувать, но как вариант, можно нагнать пыли под ФЭ, которая будет выглядеть не очень приглядно
А зачем понадобилось зеркало пальцами трогать? )
а на фото пятна это от того, что пыль на матрице, точнее на ее фильтре, и диафрагму сильно поджимаешь,
зеркало, ФЭ, пентапризма и окуляр никак не влияют на пятна на снимках, если же конечно не система с полупрозрачным зеркалом.
А салфетками лезть туда не стоит, пыли еще больше нагонишь, царапин наделаешь, толком не отчистишь
И всю чистку лучше производить в ванной, включить душ, можно горячий, чтобы пар был, потом какое-то время проветрить, чтоб влажность спала, и тогда уже заниматься, убрав волосы под головной убор, и желательно в перчатках. (чтобы было меньше пыли)

Может быть достаточно протереть объектив

Пятна на зеркале не влияют на снимки, поэтому туда лучше не лезть. Но если очень хочется, то можно ватными палочками.

Если пятнышко на зеркале, а зеркало не полупрозрачное (неподвижное) , на снимке его никак не может быть, по крайней мере, этого. Может, не стоит лезть внутрь, если это не очень напрягает? А если рисковать, то с помощью лензпена. AndreW дело говорит.