Какой программой можно обрабатывать видео в формате mp4?

Total Video Converter Программный пакет, способный читать, редактировать и конвертировать в другие форматы буквально все. Полный список всех поддерживаемых форматов (думаю, если программа будет использовать K-Lite Mega Codec Pack, то он расширится) :
Видео форматы:
· Real Video(.RMVB, .RM)· MPEG4(.mp4)· 3GP(.3gp, 3g2)· MPEG1(.mpg, mpeg)· MPEG2 PS (.mpg, mpeg, vob)· MPEG2 TS (поток DVB Transport)· MS ASF(.asf, .wmv)· MS AVI(.avi)· Macromedia Flash видео FLV (.flv)· Real Video (rm)· Apple Quicktime(.mov)· FLIC формат (.fli, .flc)· GIF анимация (.gif)· DV (.dv)· Matroska (.mkv)· OGM (.ogm)· Видео форматы, который могут быть открыты с DirectShow DirectX 9
Аудиоформаты: · AAC(.aac)· Audio CD(.cda)· MPEG audio(.mp3, mp2)· MS WAV(.wav)· MS WMA(.wma)· Real Audio (.ra)· OGG(.ogg)· AMR audio(.amr)· AC3(.ac3)· SUN AU format (.au)· FLAC (.flac)· Macromedia Flash embedded audio(.swf)· Аудио форматы, который могут быть открыты с DirectShow DirectX 9
Игровые видео-форматы: · Технологические форматы, используемые в некоторых играх (.4xm)
· Playstation STR· (Id RoQ) используемые в Quake III, Jedi Knight 2, других компьютерных играх· Мультимедиа форматы, используемые в различных интерактивных играх (Interplay MVE)
· Мультимедиа форматы, используемые в играх Origin's Wing Commander III (WC3 Movie)
· Используемые во многих консольных играх Sega Saturn (Sega FILM/CPK)· Мультимедиа форматы, используемые в играх Westwood Studios, Westwood Studios (VQA/AUD)· Используемые в Quake II, Id Cinematic (.cin)· Используемые в играх Sierra CD-ROM (Sierra VMD)· Используемые в играх Sierra Online, файлы .sol· Electronic Arts Multimedia (Matroska)· Используемые в различных играх Electronics Art; файлы, имеющие расширение WVE и UV2· Nullsoft Video (NSV) format
TotalVideoConverter
-------------------------------------------------------------------------------------------------------
Xilisoft Video Converter 5.1.20 - мощный, универсальный видео конвертер. Поддерживает большинство популярных видео форматов, в том числе DVD, VCD, SVCD, MOV, RM, AVI, MPEG, MPEG1, MPEG2, MPEG4, WMV, 3GP, h264 и т. д. Присутствует возможность конвертирования в iPod и PSP видео. Кроме того, Xilisoft Video Converter позволяет с легкостью извлекать аудио из видео с последующим конвертированием в MP2, MP3, AC3, RA, M4A, OGG, AAC и другие форматы. Поддержка h264, PSP MPEG4 AVC, пакетный режим конвертирования, предварительный просмотр в встроенном проигрывателе, выбор и настройка аудио и видео кодеков, настройка параметров конвертирования, простой и удобный интерфейс.
Основные возможности:
- содержит: 3GP Video Converter, iPod Video Converter, PSP Video Converter, Zune Video Converter, AVI MPEG Converter, MP4 Video Converter, MOV Converter, MKV to MPEG converter, etc.;
- конвертация между всеми популярными видео форматами включая: AVI, MPEG, WMV, DivX, MP4, H.264/MPEG-4 AVC, RM, MOV, XviD, 3GP, FLV и т. д
- конвертация звука в популярные звуковые файлы, включая: MP2, MP3, WMA, WAV, РА, M4A, AAC, AC3 и OGG, а также конвертацию между этими звуковыми форматами;
- извлечение изображения из видео с сохранением как JPG, PNG, GIF, BMP, SWF;
- конвертация изображений для видео в AVI, FLV, SWF, MOV, 3GP, WMV, и т. д.
- поддерживает декодирование APE, CUE и риппинг audio CD
x-video-converter

перегнать в другой формат например mpeg2, а там куча всего с ним работает.

погуглить пробовал? тотал видео конвертер например.