Подскажите программу для создания электронного учебника в формате .exe

Adobe Acrobar Professional v7.0 или поновее.
Специально предназначен для компоновки страниц из текста и рисунков в страницы PDF,
расчленяет файлы PDF на страницы PDF и собирает многостраничный PDF из отдельных рисунков, текстовых страниц или страниц PDF.
Может формировать и гиперссылочное оглавление, показываемое в левой колонке экрана.
Самое то.
Без него не было бы PDF )))
Хотя теперь есть и формат DJVU как менее качественная альтернатива + WinDjView.
Но не всё ли равно, сколько у вас файлов?. Поместите их в одну папку и просматривайте через
файл-оглавление, созданный или на HTML или на любом скриптовом языке или языке программирования.
Нужно лишь уметь запустить программу просмотра и дать ей ссылку на нужный PDF, который уже есть. Открываться страница будет чуть медленнее, чем в едином PDF, только и разницы

можно не парить мозг, а сделать ворд документ с оглавлением в виде гиперссылок. Или html страничку.

Я так понял, что есть масса натасканых где-то PDF ...И хочется это монетизировать...
Исходных текстов нет, поэтому html не прокатывает...
Однако придется писать самому...
Библиотеки для языков программирования найти можно
http://www.realcoding.net/news/obnovlennye-biblioteki-dlya-sozdaniya-obrabotki-i-otobrazheniya-pdf.html

Сделайте в виде простого локального сайта на HTML, с просмотром PDF.
Если вы сляпаете .exe, то его нельзя будет открыть нигде кроме как на Windows - а это искусственное ненужное ограничение.

Кстати, можно создать интерактивный PDF.

а толку от этого?
Файл становится привязан к винде, а это вообще неправильно как-то

Вот у меня нигде нет Windows. Моя родня на макбуках. Когда я учился - у 1/3 одногруппников вместо виндов тоже были альтернативы.

Спрашивается - чем такие люди будут открывать ваш .exe?