Все предельно точно написано, но программа преобразует все под себя и делает кашу.
Если в 2015 году нет аналога, то я буду очень сильно озадачен, так как натыкался на форумы 2004 года, где обсуждали эту проблему и писали в грядущем будущем будет все доработано. Прошло 11 лет.. Я все таки предполагаю, что есть программа...

Все просто!
Есть Верд 2013 или 2016- которые НАПРЯМУЮ открывают ПДФ файлы и позволяют полноценно работать как и с текстовыми файлами.
Только два варианта - или же предварительный анализ страницы и последующее выделение формул как картинки (если их много - заморешься, причём, после отправки в Word формулы нельзя будет править, да и в тексте картинки будут убого смотреться), либо же, после распознавания править вручную (то же самое - времени уйдёт много).
Даже, такая мощнейшая программа как FineReader не в состоянии подобные формулы правильно распознавать.
Лет 15-ть назад мне попадалась программа, которая более-менее с этим справлялась. Но, кириллицу она в упор не воспринимала.
Infix PDF Editor Pro
STDU Viewer
Есть сервис - на сайте mtscript точка ru (в меню MT-Recognition) /mathrec/service/ru, который как раз распознает и текст на множестве языков и формулы (причем очень корректно). Языки с латинскими символами распознаются как с печатных оригиналов, так и с рукописных. Рукописные формулы также великолепно распознаются. Кириллица - только печатная.
Распознаются ВСЕ математические формулы просто за секунды + весь текст вокруг. Набирать ничего не нужно. Все автоматически и очень качественно. Можете не верить, но нейронные сети уже просто творят чудеса. Сам сейчас распознаю книги по математике и физике за пару часов. Да, потом несколько дней вычитываю и правлю ошибки, а раньше на это уходили месяцы.
Логика следующая. Вы получаете текст + формулы в Tex. Копируйте это все в Word и командой MathType-> Toogle Tex делаете из формул в таком формате $ { x } ^ { 2-z } $ привычную формулу MathType, как будто Вы ее лично набрали. Минута делов, к счастью.