C помощью какой программы можно вырезать несколько минут из файла MKV?

XviD4PSP - лучший по функциональности видео-конвертер!
XviD4PSP ранее был специализированной программой для конвертирования видео для iPOD, iPhone и Sony PSP однако программа оказалась столь хороша, что автор программы, наш соотечественник, сделал из неё лучший в классе русскоязычный видеоконвертор, поддерживающий на входе любые видеофайлы, а на выходе:
• AVI (XviD)
• 3GP (для сотовых)
• AVI DV (для высочайшего качества)
• MKV (для хранения файлов с субтитрами)
• MP4 (Для iPhone, iPod и Sony PSP)

Список форматов:
Принимает: AVI DIVX ASF MPG MPE M2V MPEG VOB TS M2P D2V MOV QT 3GP HDMOV RM RAM RMVB RPX SMI SMIL MKV OGM WMV DVR-MS FLV ...Почти любой формат на вход.

Выдаёт: AC3, AAC, MP3, MP2, MP4, OGG, WAV, AVI, DV, FLV, MPEGTS, MPEGPS, MKV, MOV.
Профили для устройств: PSP, iPod 5.0G, iPod 5.5G, iPod Touch, iPhone, PS3, Xbox 360, YouTube

Преимущества XviD4PSP:
• Полностью не зависит от системных компонентов и кодеков.
• Включает в себя все самые новые и свободные кодеки.
• С каждым новым обновлением вы получаете и новейшие версии кодеков.
• Более компактный размер программы.
• Более удобная пакетная обработка.
• Более быстрая работа с файлами.
• Можно самому создать пресет формата под свой девайс.
• Больше настроек для H264 кодека.
• Быстрое сканирование громкости.
• Быстрый скан интерфейса.
• Потенциально широчайший спектр форматов и кодеков на выход.
• Поддерживает несколько аудиодорожек.
• Вы можете остановить кодирование в любой момент и получите 100% рабочий файл.

avidemux.

Прог безчисленно - самая простая Format Factory

вот отличный мануал и про софт и про то как в нем работать
http://www.bormotuhi.net/showthread.php?t=137