У лиственницы Гмелина шишки мельче, обычно не длиннее 2,5 см; семенные их чешуи прилегают неплотно и при высыхании сильно растопыриваются; семенные чешуи плоские, иногда даже с вывернутым наружу краем; они, как правило, не имеют опушения; край семенных чешуи неровный, с зубчиками и углублениями; острия кроющих чешуи выступают над семенными чешуями только у основания шишки; в шишках имеется 2-5, в среднем 3 парастихи; молодые шишки чаще всего зеленоватые, а побеги желтовато-бурые (темнее, чем у лиственницы сибирской) .
По строению и размерам хвои, количеству хвоинок в пучках, форме шишек, соотношению длины и ширины семенных чешуи эти виды лиственниц почти не различаются.
