Безопасно ли выключать компьютер через команду:
shutdown -s -t 00 (на Windows) или
shutdown -h now (на Linux)?

Да, я раньше всегда ставил этот таймер перед сном. Но этот таймер не всегда удобен, поэтому сейчас пользуюсь специальной программой с более гибкими возможностями.

Я по первой команде выключаю уже несколько лет, всё нормально. На рабочем столе ярлык висит. Полный адрес из ярлыка: "%windir%\system32\Shutdown.exe -s -t 00"

ну t 00 это не даст время закрыть файлы.. поставить побольше бы
в линухе наверное тоже самое

Таким образом не выключал.
Зачем выключать с командной строки, если есть меню пуск?

выключай всегда через "Пуск" / Завершение работы

на линуксе есть вопроосы, форточка переживет

Безопасно.
shutdown -s -t 0