будет ли нормально работать реле зарядки? если его переставить с мотора меньшего объёма на мотор с большим объёмом?

Конечно, нормально работающее реле включает генератор в общую цепь при достижении напряжения 6,1-6,

Будет. Ведь реле не объём заряжает.