Отличий, как писали выше, вагон и тележка - бобр крупнее, массивнее, ныряет в воду - как рыбу глушит, хвост - весло. Лучший способ определить присутствие бобров - погрызы и хатки. Сейчас бобры активно продвигаются на север, да и охотники перестали их добывать, так что бобёр совсем обнаглел и кое-где стал вредить.
Нутрия - поменьше, хвост - толстый круглый "крысиный", в воду уходит с берега довольно тихо. Только нутрий в Подмосковье найдешь лишь в зверохозяйствах и на частных подворьях. Этот зверь акклиматизировали в СССР в дикую природу только (кабы не соврать) на югах и Кавказе. Вы наверное её с ондатрой путаете. Вот этот зверь - вполне обычен и тоже легко отличим от бобра. А есть еще выдра, водяная полевка или крыса, но она плавать не шибко любит.
А в речушке ныряла скорее всего выдра - местами обычный и небоязливый зверь.