какой город-третья столица

Екатеринбург.

Казань!

Есть в России 3 столицы: Москва, Рязань и Луховицы
Москва, Питер, Казань 3я.

столица только одна

Где-то читал, что поэт А. Башлачёв использовал словосочетание "третья столица" для обозначения всей России.

Киев, хотя он, если не ошибаюсь, был первой.

Нижний Новгород

Тут много об этом.
http://thirdcapital.ru/

Мне так думается - это Самара ("де факто"). Именно туда вывезли правительство и Ленина из мавзолея перед решающими битвами за Москву в 1941 г.

Магадан.