Есть ли прямой рейс самолетом из Москвы до Семипалатинска ?

Да. S7 летает по четвергам. Но я бы, наверное, полетел до Барнаула, а дальше на автобусе. так выгоднее. Впрочем, нужно смотреть на конкретные даты.