Около 40 видов растений занесены в Красную книгу Оренбургской области. Из злаков в краснокнижный список включены ковыли красивейший, перистый, Залесского, опушеннолистный и тонконог жестколистный. В Красную книгу занесено 8 видов орхидей, произрастающих на территории Оренбургской области, среди них башмачок крупноцветковый, липарис Лезеля и ятрышник шлемоносный. Из семейства лилейных в этот список вошли тюльпан Шренка и рябчик русский. В Красную книгу занесены солодка Коржинского, копеечники крупноцветковый, серебролистый, Разумовского, чина Литвинова из семейства бобовых. Из водных растений в этом списке - водяной орех, или чилим, произрастающий в ряде пойменных озер по Уралу, ниже города Оренбурга и Илека. Большую группу редких растений области составляют эндемики и реликты.
Уральские скалъно-горностепные эндемики - остатки древней растительности, развитой на каменистых и щебенистых почвах в третичном периоде. В этом списке - гвоздики иглолистная и уральская, живокость уральская, оносма губерлинская, шлемник остролистный и другие виды.
Реликтовыми видами области являются можжевельник казацкий, овсец пустынный, клаусия солнцепечная, истод сибирский, а также сальвиния плавающая и водяной орех, которые сохранились с доледникового периода.
Растения, внесенные в Красную книгу Оренбургской области
Дифазиаструм сплющенный, Ковыль Залесского, Ковыль красивейший, Ковыль уклоняющийся, Ковыль перистый, Ковыль опущеннолистный, Тонконог жестколистный, Эремурус индерский, Лилия кудреватая, Рябчик русский, Тюльпан Шренка, Ирис карликовый, Венерин башмачок крупноцветный, Венерин башмачок настоящий, Липарис Лезеля, Надбородник безлистный, Неоттианте клобучковая, Пальчатокоренник балтийский, Пыльцеголовник красный, Ятрышник шлемоносный, Горицвет весенний, Пупавка Корнух-Троцкого, Смолевка Гельмана, Смолевка меловая, Пион тонколистный, Живокость уральская, Прострел луговой, Клоповник Мейера, Левкой душистый, Росянка круглолистная, Лапчатка Эверсманна, Копеечник крупноцветный, Копеечник серебристолистный, Копеечник меловой, Копеечник Разумовского, Люцерна решетчатая, Майкараган волжский, Солодка Коржинского, Чина Литвинова, Водяной орех плавающий (чилим, рогульник) , Пушисто спайник длиннолистный, Шаровница крапчатая, Наголоватка меловая, Полынь солянковидная