Потому что это не простое настоящее время.
Это настоящее продолженное - Present Continuous .
В настоящем продолженном вспомогательный глагол - to be, поэтому другие вспомогательные глаголы не используются.
В настоящем продолженном времени вспомогательный глагол используется и в утвердительных, и в вопросительных и отрицательных предложениях.
Are you going to school? (are - вспомогательный глагол)
I am going to school - No, I am not going to school now.
John is reading a book. Is he watching TV? - No, he isn't watching TV, he's reading a book.
Там, где используются другие вспомогательные глаголы (be (am, is, are); have (has, had), will/shall), глагол to do в качестве вспомогательного не используется.
Хотя может использоваться в качестве нормального глагола - делать.
Are you doing your homework now?
Nastya is doing her homework now! Such a good girl!