Хранить книги не в архивах не рационально, потому что они очень хорошо пакуются, а время на распаковку одной книги очень мало (редко кто качает их сотнями, поэтому распаковка пары-тройки файлов не затруднит никого) . В то же время, на сервере они хранятся тысячами, поэтому экономия места присутствует довольно неплохая.
Интересующую книгу проще скачать поиском, чем рыться всё время на одном и том же сайте. Где-то её нет, где-то есть. А вообще, флибуста - самый нормальный сайт, но он что-то в дауне.
Латиница в именах файлов (и подчёркивания вместо пробелов) обусловлена историческими причинами. Раньше с кодировками было не всё гладко, особенно в линуксах, по-русски файлы могли просто не найтись при запросе их веб-сервером. Да и на серверах может не быть русской локали. Да и браузер может не понять. Латиница универсальнее, хоть сейчас это и не актуально.