Сохраняешь папку профиля %APPDATA%\Mozilla\Firefox\Profiles\ и всё .
Потом, после переустановки ОС, скачиваешь браузер и заменяешь папку профиля на свою.
Диспетчер закладок-экспорт в HTML файл.
Используй программу MozBackUp. Она все сохранит и затем восстановит. И не только закладки, но и кучу других полезных вещей.
Неясно, почему только закладки нужны. А пароли, история, настройки, дополнения и пр. ?
Для Лиса как всегда много вариантов есть. И никто не мешает использовать два и более для страховки от потерь.
1. Встроенная синхронизация есть и работает, хотя и немного заумно настраивается. Сохранив все нужное на сервере Mozilla можно потом восстановить. http://support.mozilla.org/ru/kb/sinhronizirovat-firefox
2. Есть дополнение FEBE установив которое можно сделать резервную копию нужного, после переустановки его опять поставить и восстановить из этой копии
https://addons.mozilla.org/ru/firefox/addon/febe/?src=search
3. Есть утилита MozBackup которая может сделать то же самое
http://forum.mozilla-russia.org/viewtopic.php?id=36600
4. Можно наконец просто ручками профиль (или только нужное из него) пользователя скопировать в безопасное место и после переустановки заменить его содержимым новый профиль (копировать и вставлять при закрытом браузере! )
где искать профиль и что в нем что здесь
http://mozilla-russia.org/products/firefox/profiles.html
Мне лично больше нравится последний.
так что сами выбирайте что вам удобнее.
Для страховки можно предварительно скачать портативную (не требующую установки в систему) версию Firefox, развернуть на диск (при переустановке винды она не пострадает) и в нее все перенести, она в систему не лезет, установленой никак не мешает, все данные хранит в своей папке. Она же резервной будет если что не так потом пойдет
http://portableapps.com/apps/internet/firefox_portable/localization