не пойму как на поддомен загрузить robots.txt (на основном домене он загружен)?

Непонятна суть вопроса. Каждому домену на сервере соответствует своя папка. Поддомен этот тот же домен. По тому же принципу как вы заливали
robots.txt на основной домен, залейте его в папку поддомена.

В противном случае предоставьте больше информации. Что, где, на чем и как вы делали.