почему Маша просила не справедливости, а милости в Пугачёвской дочке?

Потому что справедливость у всех разная и с точки зрения Пугачева - казнить дворян может быть очень даже справедливо, а милосердие всегда значит одно и то же, по крайней мере у европейцев.