При попытке запустить программы выскакивает окно “Выбор программы”

Первым делом - тщательная проверка на вирусы (желательно с загрузкой с диска LiveCD - образы есть на сайтах Касперского и DrWEB).

После этого в Яндекс "восстановление файловых ассоциаций" - 5 минут и готово