Где бы мы не были. или Где бы мы ни были?

Здесь НИ, так как это придаточная часть сложноподчинённого предложения:
Где бы мы ни были, нас всегда встречали приветливо.
Где бы мы ни были, всюду старались посетить местные музеи.

НЕ пишется в простых предложениях восклицательных по эмоциональной окраске, в которых есть словечко ТОЛЬКО, зато нет частицы БЫ. .

Где мы только не были! (Значение: везде были)
К кому мы только не обращались! (Значение: ко всем обращались)
Что он только не делал!

Сравните последние с СПП: К кому бы мы ни обращались, все старались помочь.
Что бы он ни делал, всё у него получалось отлично!

Так и запомните: в придаточной части СПП с частицей БЫ пишем НИ, а в простом восклицательном предложении с ТОЛЬКО – НЕ..

ни
Частица ни в придаточных предложениях указанного типа примыкает к относительному слову или к союзу, и поэтому придаточные предложения начинаются сочетаниями: кто ни, кто бы ни, что ни, что бы ни, как ни, как бы ни, сколько ни, сколько бы ни, куда ни, куда бы ни, где ни, где бы ни, какой ни, какой бы ни, чей ни, чей бы ни, когда ни, когда бы ни и т. п.

Твои проблемы (((