Почему постоянно в эпизодах Южного парка есть инопланетянин?

Потому что такой персонаж у них есть.
Что "Южный парк", что "Симпсоны" - это всё мультики с пародией на американскую действительность. И персонажи у них - это стереотипы. По последней картинке, например: эдакий мужик-охотник-любитель пива, его приятель - ветеран войны во Вьетнаме, гей, индеец, толстый и глуповатый полицейский, еврей-адвокат, футбольная команда городка, афроамериканец-любитель девушек. Инопланетянин - это тоже один из стереотипных персонажей: на основе баек про "зону 51", секретные разработки военных, "Секретные материалы" и т. д.
Это всё равно что медведь с балалайкой и бутылкой водки в России. Если бы у нас что-то подобное снимали, то обязательно бы влепили.
А в сериалах про городки, в тех же "Симпсонах", когда снимают горожан, то включают всех возможных персонажей:


В "Южном Парке", например, что мелькает жутковатый мужичок, который всякие страшные истории рассказывает: пародия на фильмы ужасов.



Кстати, это ещё "пасхальными яйцами" называют: скрытые отсылки к другим эпизодам. Инопланетянин где-нибудь среди горожан - это "пасхальное яйцо": кто внимательно смотрел, тот его нашёл.. . сюрприз