Такие вещи обычно предмет исторической случайности. Есть два типичных способа решить вопрос о том, кто в кого впадает: географ может либо поинтересоваться мнением местных жителей, либо просто предположить, что река, по которой он плывает -- главная, а все прочие -- ее притоки.
При описании американского континента, например, сначала описали реку Миссиссиппи, включая впадение в нее реки Миссури. И только сильно позже выяснилось, что Миссури длиннее, чем Миссиссиппи.
А еще есть вариант, когда началом реки считается место слияния двух рек. Началом Нила, например, считается место, где сливаются Белый Нил и Голубой Нил...
Ну и, эта, дебит реки в долгосрочной перспективе ни разу не константа. Реки пересыхают или, наоборот, полнеют, меняют русла и фсякий прочий kal...