в чем отличие между сборками Portable Appz и Thinstall

PortableAppz - это, насколько я помню, ворованная платформа PortableApps.com. данные сборки являются портативными невиртуализированными ("псевдо-портативные", "пользовательско-портативные").
принцип действия: при запуске, в систему (в реестр, в частности) импортируется информация необходимая приложению. если ключи существуют, то они сохраняются. после закрытия приложения, восстанавливается состояние до запуска. платформа основана на NSIS-скриптах (установщик Nullsoft), но не ограничивается ими.

Thinstall/ThinApp - система виртуализации программного обеспечения от WMWare. эти сборки по-настоящему портативны, т. к. пакет несет в себе не только приложение, но и используемые им библиотеки, и "виртуальный" реестр. в отличии от псевдо-портативок, исключена вероятность сбоя при котором данные из пакета портативного ПО, останутся в системе. более того, в последних версиях, возможно запускать устаревшие несовместимые приложения (такие как Photoshop версий 1-8) под Win7 и выше.
принцип действия: программа выполняется в виртуальной среде, так называемой "песочнице" (sandbox). при этом, необходимые библиотеки и ветки реестра подгружаются в песочницу до запуска. а часть совершаемых приложением изменений (запись в реестр, файловую систему) не выходят за рамки этой "песочницы". то есть, изменения не влияют на систему - только на пользовательские данные. это достигается за счет того, что обычно, виртуализируется не весь доступ, и программе разрешена запись в ФС, кроме системных и защищенных директорий (Windows, Program Files, и т. д.) , но правила виртуализации варьируются у разных пакетов (зависит от назначения программы) и сборщиков.