способ образования слова пробежка

Наличие приставки в слове не всегда обозначает приставочный способ словообразования. Надо искать ближайшее слово с приставкой.
Пробежка --результат действия пробежать.
Пробежать--пробеж-К-а
Суффиксальный способ образования.

Очень продуктивный способ словообразования отглагольных существительных.
Пропол-К-а --прополоть, заряд-К-а--зарядить, построй-К-а--построить ...
В предыдущих ответах произведен МОРФЕМНЫЙ РАЗБОР СЛОВА, а НЕ СЛОВОБРАЗОВАТЕЛЬНЫЙ АНАЛИЗ СЛОВА. Это, как видите, разные вещи.