Удалённые файлы переместились в Хранилище Касперского. Чтобы туда попасть, проделайте следующие действия: главное окно Касперского => в правом нижнем углу дважды нажмите на зелёную стрелку => Карантин => вкладка Хранилище => найдите необходимые файлы => нажмите правой кнопкой мыши => пункт Удалить. Если, конечно, эти файлы вам не нужны.
А вообще фрагментация не проходит, поскольку файлы, хранящиеся в Хранилище, защищает самозащита Касперского. Перед фрагментацией её можно отключить (главное окно Касперского => Настройка => Дополнительные параметры => Самозащита => уберите галочку напротив "Включить самозащиту" => ОК) , а затем снова включить.