не все папки просматриваються когда подключаю sony xperia s к пк

Телефон не рутован, но может и не нужно? )
Для доступа к файлам черер сам смарт, используй ES Проводник, а для переноса приложений на флешку, может помочь Андроид ассистент - всё есть на Маркете.