У меня iOS 5.1.1. С что если я обновлю через iPhone на iOS 6 прошивка не слетит? а файлы астанутса ?

Делай бэкап чаем iTunes и ничего не слетит. Если IOS официальная, а не перепрошитая)). Ставя официальную iOS лицензионное соглашение не читаем?