С 01.01 2013 г. утратил силу п. 11 ст. 258 НК РФ. А что делать в НУ с ОС без регистрации, которые уже есть на балансе?

закон не содержит ответа на ваш вопрос. Полагаю, что будут разъяснения Минфина, но, как обычно, много позже. Я бы остереглась и включила ОС в состав амортизируемого только с 01.01.13 по остаточной стоимости. (Хотя формально, нет запрета на включение и по первоначальной стоимости, которая была сформирована ранее, но начало амортизации в целях ну - 1.01.13) Если вы берете по остаточной, то разницы уже не закроются, их нужно списать на 99 (абз. 3 п. 3 ПБУ 18/02), аеслипримете по первоначальной - то разницы закроются.
Так что, как обычно - есть выбор!