какие фонемы обозначаются с помощью двух букв

Оно не оно?

я - [й] [а] / [j] [а]
ю - [й] [у] / [j] [у]
ё - [й] [о] / [j] [о]
е - [й] [э] / [j] [э]

Институтский уровень (что помню) :
ц - [тс]
щ - [чш] (?)