Было темно, но я все-таки видел и деревья, и воду, и людей. Откуда здесь запятые? Ума не приложу!!

Первое. Перед союзом НО всегда ставится запятая.
2-е: ДЕРЕВЬЯ, ВОДУ, ЛЮДЕЙ - это однородные члены предложения, потому что они зависят от 1 и того же слова ВИДЕЛ и отвечают на 1 и тот же вопрос.
3-е: есть правило, согласно которому перед 2-м повторяющимся союзом И при 1-родных членах предл. -я ставится запятая, а так как 1-родных членов у Вас 3, то и перед 3-им И ставится , .