Отформатируй.
Попробуй флэшку переформатировать. Если не поможет - выбрось
На флешке сидит вирус. Вывод: форматировать флешку
Возможно, там поработал вирус. Некоторые вирусы скрывают папки, но при этом стандартный способ увидеть скрытые папки через параметры папок не помогает. Чтобы увидеть папки нужно сначала запускать файловые менеджеры, к примеру Total Commander. Обычно такие вирусы скрывают только папки, если у тебя на флешке были файлы вне папок, то это вряд ли твой случай.
Ещё как вариант могу предложить проверить записывается ли на флешку какой-нибудь небольшой файл. В некоторых случаях когда флешка выходит из строя он такие фокусы выкидывает. Показывает, что она полная, хотя недавно не была таковой, при этом на неё ничего невозможно записать. Удачи.