почему в некоторых главах "Евгения Онегина" присутствуют только точки?

Такое дело, цензура, блин !!!
У Тютчева тоже в некоторых стихах такое же. В основном это церковная цензура.

Пушкин, как некоторым известно, царского Рода (царём усыновлён был его дед или прадед, когда арапчонком был к нам привезён) , его даже как декабриста не могли привлечь к суду (коммунистическая партия точно так же своих в обиду не давала) , а вот церковь могла запретить то, что ей не понравилось в стихах поэта. Что-то не то усмотрели, только и делов.
Это обычно.

Мне для тебя не жалко строчки,
И сочиняя новый стих
Я не поставлю в конце точки
Оставлю точки для других

Утеряна часть рукописи. Но, думаю, никакой важной для читателя информации они не содержали. И так все ясно\понятно )))