почему поезд Совеская гавань - Комсомольск - на Амуре. Почему поезд Совеская гавань - Комсомольск - на Амуре ходит ночью

Потому что так удобнее. Маршрут 14 часов. Если выезать с конечной рано утром, весь день пройдет в пути, и из поезда придется отправляться на ночлег.
А так, как сейчас, человек может прямо с вокзала пойти по делам, выспашись в поезде.