Можно ли оплатить счет в яндекс деньгах через платежный терминал comepay???

Это зависит только от возможностей программного обеспечения конкретного терминала. Если такая функция предусмотрена, то она должна быть указана в меню операций терминала с соответствующими инструкциями по оплате счёта Яндекс деньгами.