В слове изъянцем (товар с изъянцем) , какой корень?

В современном русском языке в данном слове нет приставки, произошло упрощением основы. Корень – изъян:

изъя́н/ец/ – корень/суффикс/нулевое окончание; основа слова – изъянец.

Следовательно, в словоформе изъянцем морфемное деление таково:
изъя́н/ц/ем – корень/суффикс/окончание; основа слова – изъянц- (в основе, в суффиксе, происходит чередование гласной Е с нулём звука) .