Скажите пожалуйста, в Мегафоне можно только класть деньги на счёт, или можно и снимать оттуда?

можно только ложить, но при необходимости можно их кинуть как-то на другой номер

нет нельзя !

Снять можно при расторжении контракта. С паспортом и в офисе.