Скажите, когда в вопросительном или утвердительном предложении ставятся (do,does) а когда (is,am,are)

Если в повествовательном предложении используется глагол "to be" (is/am/are), то и в вопросительном будет этот глагол.
Are you a student Yes, I am a student

Если в предложении другой глагол (мы не трогаем модальные глаголы) , то и вопрос будет со вспомогательным глаголом do/does

Do you have a pen. Yes, I have a pen

как-то так

do, does пишутся в предложениях, относящихся к действию, а is am are в предложениях, относящихся к состоянию