По общему правилу, чтобы в составе командировочных расходов (пп. 12 п. 1 ст. 264 НК РФ) учесть затраты на проезд к месту командировки и обратно, нужен подлинник проездного документа. Если билет утерян, то допускается использование документов, косвенно подтверждающих произведенные расходы (п. 1 ст. 252 НК РФ) , например, дубликат, копия экземпляра билета, справка из транспортной организации (запросите справку в авиакомпании!) . В случае электронного билета подтвердить расходы могут чек ККТ, слипы, чеки электронных терминалов, распечатка электронного билета.
Указанный способ подтверждения произведенных расходов применяется и для освобождения от обложения НДФЛ компенсационных выплат на возмещение расходов по проезду федеральных государственных гражданских служащих к месту командирования и обратно (п. 3 ст. 217 НК РФ) (Письмо Минфина России от 5 февраля 2010 г. N 03-03-05/18).
Если подтверждать ничем не будете, с данной суммы, нужно удержать НДФЛ и начислить страховые взносы (ограничений по поводу включения в расходы организации суммы таких начисленных взносов, нет) .