почему разные популяции одного и того же вида отличаются по частоте встречаемсти различных вариантов генов

а почему они должны совпадать?

вот прошла в одной популяции эпидемия - остались только носители той аллели, которой вирус не страшен. а в другой популяции такой эпидемии не было - там гуляют и другие аллели.

ну это - экстремальный пример. в самом деле даже без всякой выгоды нейтральные мутации замечательно распространяются на всю популяцию. Чисто случайный процесс. "Фишеровское рассеяние".