Не приняты к зачету ФСС больничные листы. Сумма не принята 12000. Правильные бухгалтерские проводки.

Не принятые суммы расходов отнесите на счет 91/2 прочие расходы за счет прибыли.

непонятно: расходы по б/листам возмещает ФСС после камеральной проверки. Если они вам отказали в возмещение то должны были указать причину.
В отчет по ФСС к зачету расходы по б/листам так же ставятся после того как вас проверили и вынесли решение о возмещение и лучше сделать так. Если вы самостоятельно поставили эти расходы к зачету, то вы и самостоятельно уменьшили уплату взносов в ФСС. Лучше этого не делать. Только после того как вам возместят, а то насчитают пени. По кравней мери это мнение и совет из личного опыта работы.
В отчете ФСС нужно убрать в ручную к зачету эти расходы если еще не проверили и сальдо исправить с учетом этого.
Проводки формируются в программе 1С Бухгалтерский учет (если вы в ней работаете? ) формируются так же через:
бухгалтерскую справку; операции введенные в ручную; я начисления б/листов оформляла отдельной ведомостью, где указывала 69 счет. В 1С "Зарплата и кадры" более широкие возможности.

Если с учетом плана счетов 1С, то получатся следующие проводки:
Д 69.01/расходы по страхованию К70 - начислен б/л
Д 69.01/ налог К 69.01/расходы по страхованию - принят к зачету
и если ФСС не принял б/л, то надо обе проводки сторнировать

А какие возможности в 1с "Зарплата..."?