Куда отнести пени по налогам на 91.2 или на 99.1?

ТО, что касается пеней, штрафов по налогам в бюджет и внебюджетные фонды-99 счет,
если пени, штрафы по договорам-91 счет.

Однозначно на 99

на 99.1

а у на 91.3

По дебету счета 91 "Прочие доходы и расходы" в течение отчетного периода находят отражение:

* расходы, связанные с предоставлением за плату во временное пользование (временное владение и пользование) активов организации, прав, возникающих из патентов на изобретения, промышленные образцы и других видов интеллектуальной собственности, а также расходы, связанные с участием в уставных капиталах других организаций, - в корреспонденции со счетами учета затрат;
* остаточная стоимость активов, по которым начисляется амортизация, и фактическая себестоимость других активов, списываемых организацией, - в корреспонденции со счетами учета соответствующих активов;
* расходы, связанные с продажей, выбытием и прочим списанием основных средств и иных активов, отличных от денежных средств в российской валюте, товаров, продукции - в корреспонденции со счетами учета затрат;
* расходы по операциям с тарой - в корреспонденции со счетами учета затрат; проценты, уплачиваемые организацией за предоставление ей в пользование денежных средств (кредитов, займов) - в корреспонденции со счетами учета расчетов или денежных средств;
* расходы, связанные с оплатой услуг, оказываемых кредитными организациями, - в корреспонденции со счетами учета расчетов;
* штрафы, пени, неустойки за нарушение условий договоров, уплаченные или признанные к уплате, - в корреспонденции со счетами учета расчетов или денежных средств;
* расходы на содержание производственных мощностей и объектов, находящихся на консервации, - в корреспонденции со счетами учета затрат;
* возмещение причиненных организацией убытков - в корреспонденции со счетами учета расчетов;
* убытки прошлых лет, признанные в отчетном году, - в корреспонденции со счетами учета расчетов, начислений амортизации и др. ;
* отчисления в резервы под обесценение вложений в ценные бумаги, под снижение стоимости материальных ценностей, по сомнительным долгам - в корреспонденции со счетами учета этих резервов;
* суммы дебиторской задолженности, по которым истек срок исковой давности, других долгов, нереальных для взыскания, - в корреспонденции со счетами учета дебиторской задолженности;
* курсовые разницы - в корреспонденции со счетами учета денежных средств, финансовых вложений, расчетов и др. ;
* расходы, связанные с рассмотрением дел в судах, - в корреспонденции со счетами учета расчетов и др. ;
* прочие расходы.

На счете 99 "Прибыли и убытки" в течение отчетного года отражаются:

* прибыль или убыток от обычных видов деятельности - в корреспонденции со счетом 90 "Продажи";
* сальдо прочих доходов и расходов за отчетный месяц - в корреспонденции со счетом 91 "Прочие доходы и расходы";
* суммы начисленного условного расхода по налогу на прибыль, постоянных обязательств и платежи по перерасчетам по этому налогу из фактической прибыли, а также суммы причитающихся налоговых санкций - в корреспонденции со счетом 68 "Расчеты по налогам и сборам".