Что будет, если предприятие не может выплатить краткосрочный займ от учредителя в течении 3 лет, чем это грозит?

Если учредитель не против, то можно задним числом составить доп. соглашение к договору займа и продлить срок, Причем можно делать неоднократно. Думаю, что учредителю невыгодно прощать займ. Так как если появится возможность его вернуть, то не будет основания для возврата займа. А организация, если учредитель не владеет более 50% акций еще и налог обязана будет заплатить.
Можно формально выплатить через кассу ему займ расходным ордером и в этот же день оформить новый договор займа и оформить приходным ордером. Это если вовремя заметили просрочку!
Если ничего не предпринимать, то при выездной проверке налоговая может отразить в акте, как неотражение в учете дохода от просроченной кредиторской задолженности. Насчитать доход в сумме невозвращенного займа плюс 20% или 40% штраф, плюс пени.
Основание:
Неуплата или неполная уплата сумм налога (сбора) в результате занижения налоговой базы, иного неправильного исчисления налога (сбора) или других неправомерных действий (бездействия) , если такое деяние не содержит признаков налогового правонарушения, предусмотренного статьей 129.3 настоящего Кодекса,
влечет взыскание штрафа в размере 20 процентов от неуплаченной суммы налога (сбора) .

ст. 122, "Налоговый кодекс Российской Федерации (часть первая) "

3. Деяния, предусмотренные пунктом 1 настоящей статьи, совершенные умышленно,
влекут взыскание штрафа в размере 40 процентов от неуплаченной суммы налога (сбора) .

ст. 122, "Налоговый кодекс Российской Федерации (часть первая) "

Учредитель не может наказывать сам себя, ибо это ЕГО ПРЕДПРИЯТИЕ. Может простить займ. Если учредитель имеет долю больше 50%, этот "подарок" налогами не облагается.

Займ нельзя выдавать из кассы. Только с расчетного счета.