УСН6% за 2012 год уменьшила налог на 100%(всей суммы ПФР и ФОМС17208,25)

Пунктом 19 ст. 1 Федерального закона от 28.11.2011 N 338-ФЗ "О внесении изменений в часть вторую Налогового кодекса Российской Федерации и отдельные законодательные акты Российской Федерации" (далее - Федеральный закон N 338-ФЗ) в п. 3 ст. 346.21 Кодекса были внесены изменения, которыми предусматривается, что вышеуказанное ограничение по уменьшению суммы налога не распространяется на индивидуальных предпринимателей, не производящих выплат и иных вознаграждений физическим лицам и уплачивающих страховые взносы в Пенсионный фонд Российской Федерации и фонды обязательного медицинского страхования в размере, определяемом исходя из стоимости страхового года.
Согласно п. 3 ст. 6 Федерального закона N 338-ФЗ вышеуказанное изменение вступило в силу с 1 января 2012 г.
В связи с этим индивидуальные предприниматели, не производящие выплаты и иные вознаграждения физическим лицам и уплачивающие страховые взносы в Пенсионный фонд Российской Федерации и фонды обязательного медицинского страхования в размере, определяемом исходя из стоимости страхового года, вправе уменьшить сумму налога, уплачиваемого в связи с применением упрощенной системы налогообложения, за 2012 г. на вышеуказанные страховые взносы без ограничения.
Исходя из вышесказанного следует что вы вправе уменьшить налог по УСН на всю сумму взносов и если у вас налог по году получился меньше чем уплачено взносов, то налог к уплате будет "0". НО нужно смотреть когда конкретно вы уплатили взносы. Если в 4 квартале 2012 года, то вы уменьшаете налог по году, а авансовые платежи у вас должны быть оплачены в полном объеме и в предусмотренные сроки. Вы платили авансовые платежи? Если нет, то вот вероятнее всего налоговая с вас их и требует. У вас должна была быть переплата по УСН, которую вы вправе либо вернуть, либо зачесть в уплату будующих платежей. Что бы не возникало переплаты нужно взносы платить по квартально и налог уменьшать тоже поквартально, разделив сумму взносов на 4 и платить в конце каждого квартала.

вы ИП без работников?
заплатили в ПФ в декабре 2012?

Сумма минимального налога исчисляется за налоговый период в размере 1 процента налоговой базы, которой являются доходы, определяемые в соответствии со ст. 346.15 Кодекса.
Минимальный налог уплачивается в случае, если за налоговый период сумма исчисленного в общем порядке налога меньше суммы исчисленного минимального налога.

Уменьшить налог на 100% можно будет только за 2013 год. А в декларации за 2012 год можно не более 50%. Вот и просят вас доплатить.

Так "вступает в силу" с 2012года. Т. е. , за 2013 год можно будет.