Я работаю начинающим бухгалтером в не большом городке. Как объяснить начальнику, что

не принимайте такие документы в работу, возвращайте исполнителю, ибо за вас они сидеть не будут

Считаю такая работа не имеет для вас перспектив.
Попытайтесь объяснить начальнику, что при таком отношении к документации с точки зрения закона он окажется всем должен от налоговиков, до клиентов. При желании только ленивый не сможет на нем поживиться, особенно налоговики. Объяснять, что неформальные договоренности с течением времени перестают действовать наверно бесполезно.
У меня есть примерчик считавшего себя пупом земли районного масштаба. За 3 года выдоен по полной.

Такие у них правила.. привыкай.

Твой начальник живет не по законам, а по понятиям значит ему надо объяснять на блатном языке. Что мол если делать по твоему будет наезд со стороны властных органов.

Держись там.

проблема многих начальников!
это не зависит от размера города!
пока он штраф за это не заплатит - не поймет. Или налоговая проверка ему не укажет.

Да.. еще вас попытается крайней сделать!
так что обезопасьте себя документом, что бы потом за то что он вам что то не додает из документов на него!
Составьте акт ему что за что и какие штрафы - и пусть подпишет что ознакомлен!))
и под акт принимать все документы от него!
А вообще - ищите себе другую работу. С такими начальниками больше гемороя чем работы!

Удачи.