Проверяет ли налоговая откуда у физического лица деньги на покупку квартиры, да еще и не одной?

Проверяет, если по карте или банковскому счету проходит сумма от 600 т. р.

Нет, это не входит в ее функции.

Нет Есди будете покупать квартиру, проверяйте через неё.. Вам нужны проверки через, так называемые, “каналы”. Это в двух словах не расскажешь. Посмотрите лучше вот это видео.. Это реальная судья, рассматривала сделки с недвижимостью, у неё свой канал на ютубе, она рассказала, как проверяются квартиры перед покупкой, чтобы всё проверить полностью. https://www.youtube.com/watch?v=DL58t0luYmk
Я только скопирую Вам полный список, дальше сами разберётесь. Удачи)
1. ИСТОРИЯ ПЕРЕХОДА ПРАВА СОБСТВЕННОСТИ (техн. выписка, ДМЖ, регпакеты)
2. ИСТОРИЯ ЗАРЕГИСТРИРОВАННЫХ В КВАРТИРЕ ЛИЦ ЗА ВСЮ ИСТОРИЮ (архивка)
3. ПОЛНАЯ ФИНАНСОВАЯ ИСТОРИЯ ПРОДАВЦА (все долги/кредиты продавца - банки, микрокредиты, потребильские, автокредиты, задолженности по налогам, по решению суда и пр. ..)
4. ИЗМЕНЕНИЕ ЛИЧНЫХ ДАННЫХ ПРОДАВЦОМ (смена Ф. И. О)
5. ПОЛНАЯ ИСТОРИЯ АРЕСТОВ / ЗАПРЕТОВ / ОБРЕМЕНЕНИЙ ЗА ВСЮ ИСТОРИЮ
6. ПОЛНАЯ ИСТОРИЯ ЮРИДИЧЕСКИХ ЛИЦ, ЗАРЕГИСТРИРОВАННЫХ В КВАРТИРЕ (ООО, ИП..) ЗА ВСЮ ИСТОРИЮ
7. ПОЛНАЯ ИСТОРИЯ ВЫДЕЛЯЕМЫХ ПОД ЭТУ КВАРТИРУ СУБСИДИЙ (детские субсидии, маткапитал, субсидии на расширение многодетных семей и прочее) ЗА ВСЮ ИСТОРИЮ
8. ПСИХИЧЕСКИЕ БОЛЕЗНИ СОБСТВЕННИКА, В Т. Ч. СУПРУГИ (не по справкам)
9. ПСИХИЧЕСКИЕ БОЛЕЗНИ ВСЕХ ПРЕДЫДУЩИХ СОБСТВЕННИКОВ И ИХ СУПРУГОВ
10. ПСИХИЧЕСКИЕ БОЛЕЗНИ ПРОДАВЦА ПО ДРУГОЙ ФАМИЛИИ (если продавец сменил когда-то фамилию, данных об учёте в диспансере по его последней фамилии не будет. Это мы отдельно проверяем)
11. ПСИХИЧЕСКИЕ БОЛЕЗНИ ПРОДАВЦА ПО ДРУГИМ ГОРОДАМ (если продавец лечился в другом регионе, данных об учёте по последнему месту регистрации в диспансере не будет)
12. СОПОСТАВЛЕНИЕ ДАТЫ СМЕРТИ ИЛИ ИСЧЕЗНОВЕНИЯ ПРЕДЫДУЩИХ СОБСТВЕННИКОВ С ДАТОЙ ПРОДАЖИ КВАРТИРЫ (если это криминал или предыдущий пожилой собственник умер во время регистрации, такую квартиру покупать нельзя, такая сделка оспорима)
13. ПОЛНАЯ ИСТОРИЯ НОТАРИАЛЬНЫХ БУМАГ ЗА ВСЮ ИСТОРИЮ
14. ПРОИСХОЖДЕНИЕ ДЕНЕГ В ПРЕДЫДУЩИХ СДЕЛКАХ (если в предыдущей сделке квартира была оплачена деньгами должника, то в случае признания его банкротом, эта сделка так же будет признана недействительной)
15. НАХОДИЛСЯ ЛИ КТО-ЛИБО ИЗ НЫНЕШНИХ/ПРЕДЫДУЩИХ СОБСТВЕННИКОВ В БРАКЕ В МОМЕНТ ПРИОБРЕТЕНИЯ КВАРТИРЫ (даже если они это отрицают)
16. ВСЕ СТАНДАРТНЫЕ ПРОВЕРКИ (проверка паспорта, проверка задолженностей по налогам, открытые делопроизводства, исполнительные листы, пожары/взрыв газа/наводнения в квартире, все виды задолженностей, проверка БТИ, информация о доме, сведения о плановом сносе дома и т. д.)
https://www.youtube.com/watch?v=_EAZlijTd9E