объясните, почему станции комплексного мониторинга находятся на территории заповедников

Положения о мониторинге окружающей среды регулируются Федеральным законом РФ "Об охране окружающей среды" от 10.01.2002 №7-ФЗ.
Глава Х этого закона называется «Государственный мониторинг окружающей среды (государственный экологический мониторинг) » .
В статье 63 «Организация государственного мониторинга окружающей среды (государственного экологического мониторинга) » сказано:
1. Государственный мониторинг окружающей среды (государственный экологический мониторинг) осуществляется в соответствии с законодательством Российской Федерации и законодательством субъектов Российской Федерации в целях наблюдения за состоянием окружающей среды, в том числе за состоянием окружающей среды в районах расположения источников антропогенного воздействия и воздействием этих источников на окружающую среду, а также в целях обеспечения потребностей государства, юридических и физических лиц в достоверной информации, необходимой для предотвращения и (или) уменьшения неблагоприятных последствий изменения состояния окружающей среды.
2. Порядок организации и осуществления государственного мониторинга окружающей среды (государственного экологического мониторинга) устанавливается уполномоченным Правительством Российской Федерации федеральным органом исполнительной власти.
3. Информация о состоянии окружающей среды, ее изменении, полученная при осуществлении государственного мониторинга окружающей среды (государственного экологического мониторинга) , используется органами государственной власти Российской Федерации, органами государственной власти субъектов Российской Федерации, органами местного самоуправления для разработки прогнозов социально-экономического развития и принятия соответствующих решений, разработки федеральных программ в области экологического развития Российской Федерации, целевых программ в области охраны окружающей среды субъектов Российской Федерации и мероприятий по охране окружающей среды.

Порядок предоставления информации о состоянии окружающей среды регулируется законодательством» .
http://www.consultant.ru/popular/okrsred/70_10.html#p656

Постановлением Правительства РФ от 31.03.2003 №177 утверждено Положение об организации и осуществлении государственного мониторинга окружающей среды.
Экологический мониторинг включает в себя мониторинг атмосферного воздуха, земель, лесов, водных объектов, объектов животного мира, уникальной экологической системы озера Байкал, континентального шельфа Российской Федерации, состояния недр, исключительной экономической зоны Российской Федерации, внутренних морских вод и территориального моря Российской Федерации.
Организацию и осуществление экологического мониторинга обеспечивают в пределах своей компетенции в соответствии с законодательством Российской Федерации и законодательством субъектов Российской Федерации специально уполномоченные федеральные органы исполнительной власти - Министерство природных ресурсов Российской Федерации, Федеральная служба России по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды, Федеральная служба земельного кадастра России, Министерство сельского хозяйства Российской Федерации, Государственный комитет Российской Федерации по рыболовству и другие органы исполнительной власти.
http://www.gvir.ru/text2008/n24/gdi24658.htm

Весь блок экологического мониторинга в заповеднике состоит из двух направлений: наблюдения за меняющейся абиотической составляющей биосферы и ответной реакцией экосистем на эти изменения.
Экологический мониторинг входит в задачи каждого заповедника.
Основными задачами заповедника являются охрана ландшафтного и биологического разнообразия, проведение научных исследований и экологического мониторинга, подготовка специалистов в области охраны природы, ведение эколого-просветительской работы.

там пробы чистого воздуха берут.
это делают так:
берешь пробу воздуха в заповеднике, затем берешь пробу в другом месте, и смотришь где больше оксида углерода.

В вопросе - часть ответа! Вне заповедной зоны мониторинг - укажет на состояние вне её и никто не поймёт внутренних движений среды - флоры и фауны заповедной, и всех её посезонных состояний. На этой системе работают целые НИИ, не только станции.

Там нет техногенного воздействия людей на природу, эти территории принимаются за эталон и там ведутся наблюдения только за внешним воздействием.

Это штатное подразделение заповедника

если заповеднике что то меняется что то меняется значит во всем мире