Какие вы знаете древнерусские церкви под именем София?

Слегка не корректный вопрос.
Вам нужны церкви или соборы? Большинство из того, что перечислено, всё же соборы, а не церкви.
Соборы- это определённый статус. Это кафедральные храмы в которых служатся службы правящим архиреем.
А именно церквей св. Софии не так и много, большинство храмов св. Софии - соборы.

Москва. Храм св. Софии Премудрости Божией на Лубянке (это церковь)



Москва. Храм св. Софии Премудрости Божией в Замоскворечье

Софийский собор (Святая София, Айя-София) в Константинополе (Стамбуле)
Софийский собор в Киеве
Софийский собор в Великом Новгороде
Софийский собор в Полоцке
Софийский собор в Вологде
Софийский собор (Софийско-Успенский кафедральный собор) в Тобольске
Софийский собор в Царском Селе
Софийский собор в Лаишево
Софийский собор в Гродно
Софийский собор в Тобольске
Софийский собор в Харбине
Церковь (базилика) Святой Софии (Святая София) в Салониках
Софийский собор в Трабзоне (Трапезунде)
Софийский собор в Вашингтоне
Софийский собор в Лос-Анджелесе
Большой Софийский собор 879 года — поместный собор Церкви в Константинополе; на Востоке часто почитается VIII вселенским.

В Великом Новгороде, такая есть?

Новгородская София (рис. 1) является одним, из самых выдающихся произведений русской архитектуры и относится к числу лучших созданий зодчества всех времен и народов. Замечательная архитектурная композиция Софии составляет ее главную ценность. Предельная простота и лаконичность форм сочетаются в ней с величественной монументальностью и с удивительной гармоничностью отношений. Глубоко созвучная окружающей природе, новгородская София проникнута непосредственностью и теплотой живого чувства архитектурной формы, столь характерными для древнерусского архитектора и, в особенности, для новгородского зодчего. В ней умело сочетаются симметрия и асимметрия, строгая сдержанность и живописная свобода, замкнутая сила и открытый характер, что составляет одну из отличительных сторон не только древнерусской архитектуры, но и самой древнерусской жизни.
Софийский собор в Киеве. Можно ещё погуглить