Имеет значение чья стоит подпись в квитанции на регистрацию ИП?

Лучше, чтобы тот, на кого регистрируют ИП ставил подпись. Но также подпись может поставить плательщик. Не принципиально.

без разницы-пусть только фамилию вашу напишут на подписи.
важно что оплачено)

В платёжном документе должна стоять только подпись плательщика (человека, который совершает этот платёж в банке) .
Если квитанцию оплачивает другой человек, должно быть ВНЯТНО и однозначно указаны ФИО того человека, кто регистрирует ИП.

При предоставлении квитанции в налоговую инспекцию подпись в квитации не сверяется. Проверяется только соответствие ФИО с подаваемыми документами.

Академически верно, чтобы там стояла подпись ИП. Так как налоги и сборы уплачиваются налогоплательщиками из собственных средств, а если средства предоставляются иным лицам для уплаты об этом должны быть соответствующие документы и у лиц должны быть полномочия оплачивать платежи.

При этом пикантность ситуации в том, что банке совершенно все равно какая там подпись стоит. Так же как и налоговой. Но учитывая, что прицепится могут к чему угодно, если захотят, вплоть до того, что ксерокопия паспорта на одном листе с двух сторон, а должна быть на двух страницах с одной стороны, лучше пусть будет подпись ИП.

Плательщиками государственной пошлины признаются лица, обращающиеся за совершением юридически значимого действия. В указанном Вами случае в платежном документе в обязательном случае должны быть данные будущего ИП. А уж как кто распишется....