Комиссия при перечислении ипотечных средств

Не будет там 20 тыс. Не знаю как в ВТБ, в Сбере комиссия при переводе со своего счета через операциониста максимум 1500р.
Комиссию платит тот, кто переводит, она не берется из суммы перевода.
Продавец получает на свой счет ровно ту сумму, которая указана в договоре, и неважно в каком банке у него счет.

Комиссия берется только за перевод суммы первоначального взноса покупателя и это нормально. Оплачивает её покупатель, а не продавец, так что продавец в любом случае получит свое. За перевод кредитных средств банк не берет ни копейки. Но это внутри своего банка. Если вы решили выпендрнуться и получить в другом банке, то за такое удобство может взиматься дополнительная комиссия, но она если и будет, то будет оговорена.

Не нужно путать экономику сделки и операционную часть. Продавец должен покупателю 2 млн. При этом возникает комиссия за перевод денег из банк в банк. Соответственно, покупатель и продавец должны договориться, кто несёт эти расходы, желательно эту договорённость прописать в договоре. Если договорились, что их несёт продавец, то будет так, как вы описали. Если договорились, что несёт покупатель, тогда покупатель либо вносит на счёт больше 2 млн так, чтобы после вычета 1%, продавец получил 2 млн., либо отдаёт эти 20 тыс продавцу позже. Потенциально они могут разделить эту комиссию пополам или как-то по-другому.... Короче, свобода договора. Как договорятся, так и будет.