Есть ли языки кoтopыe

Полностью независимым от ОС является браузерный JavaScript - т.к. он вообще не имеет механизмов взаимодействия с операционными системами.

C и C++ являются существенно системно-зависимыми. Точнее, стандартная библиотека C намертво прибита к *NIX и перенести её один-в-один в операционные системы, построенные на других принципах, невозможно: всегда что-то выкидывается и что-то добавляется.

Java изначально создавался как максимально независимый от ОС язык. Но надо понимать, что Java в Android - совершенно отдельный язык, разрабатываемый Google, никак не связанный с оригинальной Java, разрабатываемой Oracle. Так что Java кроссплатформенна везде, кроме Android.

C# долгое время был только для Windows и перенос его на другие платформы потребовал совершенно новой виртуальной машины. Так что сейчас, по факту, есть 2 варианта C#: только для Windows и кроссплатформенный.

Python, PHP являются системно-зависимыми в модулях, взаимодействующих с системой.

Вообще, язык программирования - это метод записи алгоритма. Затем эта запись компилируется во что-то, что может быть выполнено или интерпретируется интерпретатором для этого языка. Даже если сейчас не существует компилятора/интерпретатора под какую-то платформу, то, при достаточном желании, его можно создать.

Пример: Mono C#. Раньше C# был только на платформе .Net на windows, но была разработана имплементация Mono для различных систем.

А в чем именно суть вопроса? На каких языках проще писать кросплатформенные программы? Тут ответ очень сильно зависит от типа программы. Программа так или иначе будет работать под управлением ОС. (Да, можно и без, но тут явно не в этом вопрос)

Си

да