В чем отличие холдинга и ассоциации?

Для того, чтобы это отличие уяснить, необходимо определиться с понятийным значением названных Вами форм.
После этого совсем нетрудно выявить отличия.
Холдинг есть совокупность материнской компании и контролируемых ею дочерних компаний. (Вот это – и есть главное отличие)
Помимо простых холдингов, представляющих собой одно материнское общество и одно либо несколько контролируемых им дочерних обществ (о которых говорят, что они по отношению друг к другу являются «сестринскими» компаниями) , существуют и более сложные холдинговые структуры, в которых дочерние общества сами выступают в качестве материнских компаний по отношению к другим («внучатым» ) компаниям. При этом материнская компания, стоящая во главе всей структуры холдинга, именуется холдинговой компанией.
Контроль материнской компании за своими дочерними обществами осуществляется как посредством доминирующего участия в их уставном капитале, так и посредством определения их хозяйственной деятельности (например, выполняя функции их единоличного исполнительного органа) , так и иным предусмотренным законодательством образом.
Ассоциация - это одна из организационно-правовых форм некоммерческих организаций, являющаяся добровольным объединением юридических лиц.
В Российской Федерации деятельность ассоциаций регламентируется Гражданским Кодексом и законом «О некоммерческих организациях»
Юридические лица могут создавать объединения в форме ассоциаций или союзов коммерческих или некоммерческих организаций, в том числе учреждений
Целью создания ассоциации является координации их предпринимательской деятельности, а также представления и защиты общих, в том числе имущественных интересов.
Ассоциации — объединения, основанные на членстве. Члены ассоциации, при этом, сохраняют свою юридическую самостоятельность, однако, несут субсидиарную ответственность по её обязательствам.

В российском гражданском праве нет такого юридического лица как холдинг, а вот ассоциация определена в статье 121 ГК. Холдинг - это скорее понятие из экономики.